Vilniaus Emilijos Pliaterytės pagrindinė mokykla įkurta 2002 m., buvusios „Šaltinio“ vidurinės mokyklos pastate, statytame 1972 m. Klasės suformuotos iš Prano Mašioto pradinės ir Žirmūnų vidurinės mokyklos (dabar – Žirmūnų gimnazija) mokinių, kolektyvas taip pat buvo surinktas iš įvairių įstaigų. Per neilgą savo istoriją mokykla spėjo pabūti ir aštuonmete, ir dešimtmete, 2014 metais mokykla tapo progimnazija.
Nuo įkūrimo 2002 m. iki 2015 m. mokyklai vadovavo direktorė Ona Subačienė. Nuo 2016 m. mokyklai vadovauja direktorius Gintaras Alfonsas Petronis.
Mokykla įsikūrusi Neries slėnyje, kiek nuošaliau nuo gyvenamųjų namų ir kitų pastatų, turi net 3 ha plotą.
2008 m. baigta pastato renovacija, todėl ugdymo(si) sąlygos mokykloje geros.
Kiekviena klasė turi savo patalpą ir naudojasi mokymo kabinetais, modernizuota biblioteka – skaitykla.
Įrengta Fab Lab laboratorija, Gamtos mokslų laboratorija.
2026 m. vasarą atliktas rūbinių remontas, įrengtos daiktų saugojimo spintelės.
Mokykloje mokosi apie 1150 mokinių.