Vilniaus Emilijos Pliaterytės pagrindinė mokykla įkurta 2002 m., buvusios „Šaltinio“ vidurinės mokyklos pastate, statytame 1972 m. Klasės suformuotos iš P. Mašioto pradinės ir Žirmūnų vidurinės mokyklos (dabar – Žirmūnų gimnazija) mokinių, kolektyvas taip pat buvo surinktas iš įvairių įstaigų. Per neilgą savo istoriją mokykla spėjo pabūti ir aštuonmete, ir dešimtmete, 2014 metais mokykla tapo progimnazija. Nuo įkūrimo 2002 m. iki 2015 m. mokyklai vadovavo direktorė Ona Subačienė, nuo 2016 m. mokyklai vadovauja direktorius Gintaras Alfonsas Petronis.
Mokykla įsikūrusi Neries slėnyje, kiek nuošaliau nuo gyvenamųjų namų ir kitų pastatų, turi net 3 ha plotą. 2008 m. baigta pastato renovacija, todėl ugdymo(si) sąlygos mokykloje geros. Kiekviena klasė turi savo patalpą ir naudojasi mokymo kabinetais, modernizuota biblioteka – skaitykla. Beveik visoms metodinėms grupėms skirti metodikos kabinetai.
Šiuo metu mokosi 1165 mokiniai.
Šiandieninė progimnazijos mokymosi aplinka
Progimnazijoje veikia edukacinės aplinkos, leidžiančios veiksmingai taikyti šiuolaikines mokymo ir informacinių technologijų priemones, mokymo metodus, tenkinti mokinių poreikius.
Visi kabinetai aprūpinti kompiuteriais ir internetine prieiga.
Progimnazijos bibliotekoje ir skaitykloje galima naudotis ne tik internetu, bet ir įvairiomis mokomosiomis programomis, multimedia.
Progimnazija pakankamai aprūpinta vadovėliais.
Sporto salė – sportiniu inventoriumi.
Visos administracijos darbo vietos suremontuotos ir kompiuterizuotos.
Mokytojai turi galimybę IKT taikyti ugdymo procese. Kompiuterizuoti klasių kabinetai. 5-8 klasės dirba kabinetinėje sistemoje.
Kompiuterizuoti metodinių grupių kabinetai, mokytojų kambarys, aktų salė.
Įdiegtas elektroninis dienynas.
Įrengtas laidinis ir mobilusis internetas.
Kiekvienais metais iš mokinio krepšelio lėšų atnaujinama mokytojų didaktinė medžiaga, užsakomi vadovėliai, turtinami audio ir video technika, kompiuterinė įranga.